Se puede establecer que la alergia es una forma particular de intolerancia. Sin embargo, ambos términos definen reacciones a diferentes componentes de la leche. La alergia a la leche de vaca consiste en una hipersensibilidad a las proteínas que contiene y se manifiesta con erupción cutánea, edema facial e incluso asma. Por otro lado, el término intolerancia se emplea para describir una deficiente asimilación de un carbohidrato, la lactosa, que nada tiene que ver con las proteínas y se manifiesta principalmente con síntomas digestivos (distensión abdominal y diarrea).
